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独自ドメインが問題なのではなく、WordPressの初期設定（DB接続設定など）後に独自ドメインを設定するなどでURLが変わってしまうと、WordPressにログインできなくなります。
ですので wp-config.php に以下を記述して、ログイン画面への到達を出来るようにします。
define('WP_SITEURL', 'http://example.com/wordpress/');※ WordPress 2.5 以前の場合はデータベースでの修正が必要のようです。